Varianta SARS-CoV-2: How Serious is B.1.1.529, nyní pojmenovaná Omicron

Varianta B.1.1.529 byla poprvé hlášena WHO z Jižní Afriky dne 24^th listopadu 2021. První známá potvrzená infekce B.1.1.529 byla ze vzorku odebraného 9.^th listopad 2021¹. Jiný zdroj² ukazuje, že tato varianta byla poprvé detekována ve vzorcích odebraných 11^th listopadu 2021 v Botswaně a dne 14^th listopadu 2021 v Jižní Africe. Od té doby se počet případů COVID-19 prudce zvýšil téměř ve všech provinciích Jižní Afriky. Jako dne 27^th listopadu 2021 byly nové případy této varianty hlášeny také v Belgii, Hong Kongu, Izraeli, Spojeném království³, Německo, Itálie a Česká republika, které jsou všechny svým původem spojené s cestováním.  

Děkujeme jihoafrickým úřadům za to, že si nevěnovaly čas při komunikaci a sdílení relevantních informací s globální vědeckou komunitou, aby se skupina odborníků WHO mohla sejít 26.^th listopadu 2021 a urychleně tuto variantu označit jako Variantu koncernu (VOC). Závažnost věci lze usoudit z toho, že B.1.1.529 byla označena jako sledovaná varianta (VUM) teprve před dvěma dny, 24.^th listopadu 2021, než bude 26^th listopadu 2021, aniž by byla nejprve označena jako varianta v šetření (VOI).  

Tabulka: SARS-CoV-2 varianty vzbuzující obavy (VOC) ke dni 26. listopadu 2021 

Naléhavost označení B.1.1.529 jako varianty vzbuzující obavy (VOC) byla opodstatněná, protože bylo zjištěno, že tato varianta je dosud nejvíce odlišnou variantou SARS-CoV-2. Ve srovnání s virem SARS-CoV-2 původně detekovaným v čínském Wu-chanu má tento virus až 30 změn aminokyselin, 3 malé delece a 1 malou inzerci v spike proteinu. Z těchto změn se 15 nachází v doméně vázající receptor (RBD), což je část viru, která mu umožňuje proniknout do lidských buněk, což vede k infekci. Tato varianta má také řadu změn a delecí v jiných genomových oblastech². Mutace jsou tak rozsáhlé, že by se to dalo nazvat novým kmenem místo varianty. Neuvěřitelně vysoký počet hrotových mutací znamená zvýšenou možnost úniku ze známých protilátek, které činí z této varianty vážné obavy.⁵.  

Změna na nové varianty je u koronavirů běžná. Vždy bylo přirozené, že koronaviry procházely mutacemi ve svých genomech extrémně vysokou rychlostí, kvůli nedostatku korekturní nukleázové aktivity jejich polymeráz; čím více přenosu, tím více chyb replikace, a proto se v genomu hromadí více mutací, což vede k novým variantám. Lidské koronaviry v nedávné historii vytvářejí mutace, aby vytvořily nové varianty. Od roku 1966, kdy byla zaznamenána první epizoda, existovalo několik variant odpovědných za epidemie⁶. Ale proč tak rozsáhlá mutace v jediném výbuchu? Může být, protože varianta B.1.1.529 se vyvinula během chronické infekce imunokompromitované osoby, možná neléčeného pacienta s HIV/AIDS⁷.  

Ať už může být příčinou rozsáhlých mutací cokoli, pokud je rychlým tempem šíření v Jižní Africe nějakým náznakem, vývoj této varianty může mít obrovský vliv na imunitu, přenosnost a virulenci a účinnost stávajících vakcín, které se v současnosti používají.  

Zda stávající vakcíny zůstanou proti této nové variantě účinné, nebo dojde k dalším případům průlomových infekcí vakcínou, je v současnosti k dispozici jen málo údajů, z nichž lze vyvodit jakýkoli závěr. V nedávné studii však syntetická varianta s 20 mutacemi v spike proteinu prokázala téměř úplný únik protilátek.⁷. To ukazuje, že nová varianta B.1.1.529 s mnohem větším počtem mutací může vykazovat významně sníženou neutralizaci protilátkami. Nová varianta se však zdá být přenosnější díky rychlému tempu, kterým nahradila variantu Delta v Jižní Africe, i když současná data nejsou dostačující k tomu, aby bylo možné vyvodit jakýkoli spolehlivý odhad. Stejně tak není možné v této fázi komentovat závažnost symptomů.  

Vzhledem k tomu, že Evropa se již v posledních týdnech zmítá v neobvykle vysokém počtu případů COVID 19 (kvůli vysoce přenosné delta variantě) a rychlému tempu, Omicron (B.1.1.529) varianta se rozšířila v Jižní Africe nedávno nahrazující delta variantu, několik zemí v Evropě včetně Spojeného království, Německa a Itálie zavedlo cestovní omezení pro příjezdy z Jižní Afriky a ze sousedních zemí, jako je Botswana, Malawi, Mosambik, Zambie a Angola. Izrael se obává nejhoršího a zakáže vstup návštěvníkům ze všech zemí.  

Svět tolik investoval do vývoje a podávání vakcín proti COVID-19 na ochranu lidí před pandemií. Otázkou, která je nejvyšší v mysli vědců i úřadů, je, zda hlavní vakcíny COVID-19 jako Pfizer–BioNTech, Oxford–AstraZeneca, Moderna, Johnson & Johnson zůstanou účinné i proti variantě Omicron (B.1.1.529). . To je podporováno skutečností, že v Jižní Africe byly hlášeny průlomové infekce. Dva hongkongské případy také dostaly dávky vakcíny⁹. 

Vývoj vakcín proti „pankoronaviru“.¹⁰ (multivalentní očkovací platformy¹¹) se zdá být potřebou této hodiny. Ale rychleji, může být možné rychle vyrobit booster dávky mRNA a DNA vakcín pokrývajících mutace. Navíc nedávno schválený antivirotika (Merck's Molnupiravir a Pfizer's Paxlovid) by se měly hodit při ochraně lidí před hospitalizací a úmrtími.   

 *** 

Reference:  

1. WHO 2021. Zprávy – Klasifikace Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. Publikováno 26. listopadu 2021. Dostupné online na https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern  

2. Evropské centrum pro prevenci a kontrolu nemocí. Důsledky vzniku a šíření SARSCoV-2 B.1.1. 529 varianta koncernu (Omicron), pro EU/EHP. 26. listopadu 2021. ECDC: Stockholm; 2021. Dostupné online na https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529  

3. UK Govt 2021. Press release – First UK cases of Omicron variant identified. Published 27 November 2021. Available at https://www.gov.uk/government/news/first-uk-cases-of-omicron-variant-identified   

4. WHO, 2021. Sledování variant SARS-CoV-2. Dostupné online na https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

5. GitHub, 2021. Thomas Peacock: Potomek B.1.1 spojený s jižní Afrikou s vysokým počtem Spikeových mutací #343. Dostupné online na https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 

6. Prasad U.2021. Varianty koronaviru: Co zatím víme. Vědecký Evropan. Publikováno 12. července 2021. Dostupné online na http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/variants-of-coronavirus-what-we-know-so-far/ 

7. GAVI 2021. Práce s vakcínami – Co víme o nové variantě koronaviru B.1.1.529 a máme se bát? Dostupné v https://www.gavi.org/vaccineswork/what-we-know-about-new-b11529-coronavirus-variant-so-far 

8. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Vysoká genetická bariéra pro únik polyklonální neutralizační protilátky SARS-CoV-2. Příroda (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

9. Silně zmutovaná varianta koronaviru uvádí vědce do pohotovosti. Příroda News. Aktualizováno 27. listopadu 2021. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w  

10. Soni R. 2021. „Pan-coronavirus“ vakcíny: RNA polymeráza se objevuje jako cíl vakcíny. Vědecký Evropan. Publikováno 16. listopadu 2021. Dostupné na http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/pan-coronavirus-vaccines-rna-polymerase-emerges-as-a-vaccine-target/  

11. NIH 2021. Tisková zpráva – NIAID uděluje nová ocenění na financování vakcín proti „pankoronaviru“. Publikováno 28. září 2021. Dostupné na https://www.nih.gov/news-events/news-releases/niaid-issues-new-awards-fund-pan-coronavirus-vaccines  

***