kompletní člověk genom sekvence dvou X chromozomů a autozomů z buněčné linie derivované ze ženské tkáně byla dokončena. To zahrnuje 8 % z genom sekvence, která v původním návrhu, který byl vydán v roce 2001, chyběla.
kompletní člověk genom Sekvence celých 3.055 miliardy párů bází byla odhalena konsorciem Telomere-to-Telomere (T2T). To představuje největší zlepšení člověk reference genom vydané v roce 2001 Celera Genomics and the International Člověk Genome Sekvenční konsorcium. Že genom sekvence pokrývala většinu euchromatických oblastí, zatímco buď vynechávala oblasti heterochromatinu, nebo chybná reprezentace. Tyto regiony tvoří 8 %. člověk genom to se konečně ukázalo. Nová reference T2T-CHM131 zahrnuje kompletní sekvenci pro všech 22 autozomů plus chromozom X. Tato nová referenční sekvence také opravila četné chyby a přidala přibližně 200 milionů bp nových sekvencí obsahujících 2,226 genových kopií, z nichž se předpokládá, že 115 bude kódovat protein.
Současný referenční genom GRCh38.p13 byl výsledkem dvou velkých aktualizací, jedné v roce 2013 a druhé v roce 2019 na sekvenci genomu Celera z roku 2001. Stále však měl 151 milionů párů bází neznámých sekvencí rozmístěných po celém světě genom, včetně pericentromerických a sub telomerických oblastí, duplikací, genových a ribozomálních DNA (rDNA) polí, z nichž všechny jsou nezbytné pro základní buněčné procesy. Nová reference byla pojmenována jako T2T-CHM13, protože pochází ze sekvenování DNA z buněčné linie CHM13 (Complete Hydatiform Mole) a je prováděna konsorciem T2T. Buněčná linie pochází z abnormálního oplodněného vajíčka nebo přerůstající tkáně z placenty, ve které se ženy jeví jako těhotné (falešné těhotenství), takže sekvence představuje pouze dva chromozomy X a autozomy ženy. Byly použity různé sekvenční technologie, jako jsou sekvencery PacBio, Oxford Nanopore, 100X a 70X Illumina, abychom jmenovali alespoň některé. Technologický pokrok v sekvenování vedl k sekvenování zbývajících 8 %, jak je uvedeno výše.
Jediným omezením sekvence T2T-CHM13 je nedostatek Y chromozomu. Toto sekvenování v současné době probíhá pomocí DNA z buněčné linie HG002, která má 46 (23 párů) s karyotypem XY. Sekvence pak bude sestavena za použití stejných metod vyvinutých pro homozygotní genom CHM13.
Dostupnost T2T-CHM13 jako nové reference genom představuje významný průlom, který pomůže porozumět úloze heterochromatinových oblastí a pomůže porozumět jeho účinkům na buněčné procesy ve větších detailech. Dokud nebude dokončeno sekvenování chromozomu Y, bude tento genom sloužit jako referenční genom pro budoucí studie v pochopení buněčných procesů a funkcí.
***
Reference
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. Kompletní sekvence a člověk genom bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
