Nově uváděná metoda RTF-EXPAR, která ke konverzi používá přístup bez reverzní transkriptázy (RTF), značně zkrátila dobu testu z přibližně hodiny na několik minut. RNA do DNA následovaná EXPAR (exponenciální amplifikační reakce) pro amplifikaci při jedné teplotě.
Ovládání rychlosti Covid 19 šíření vyžaduje přesnou a rychlejší strategii testování virů. RT-PCR (reverzní transkriptáza polymerázová řetězová reakce), nejpřesnější testovací metodou, která se v současnosti používá, je dvoukrokový test, který trvá přibližně 60 minut na vzorek.
Vědci z University of Birmingham oznámili novou metodu detekce SARS-CoV-2. To by mohlo umožnit mnohem rychlejší testování a je dostatečně citlivé.
Detekce virové RNA pomocí RT-PCR (reverzní transkriptázová polymerázová řetězová reakce) zahrnuje konverzi virové RNA na komplementární DNA (cDNA) s následnou amplifikací cDNA pomocí kvantitativní PCR (qPCR). cDNA je poté detekována pomocí fluorescenčního barviva. To trvá až hodinu.
Nově uváděná metoda RTF-EXPAR, která využívá přístup bez reverzní transkriptázy (RTF) pro konverzi RNA na DNA následovaná EXPAR (exponenciální amplifikační reakce) pro amplifikaci při jedné teplotě. Zesílení probíhající při jediné teplotě je klíčem k rychlosti, protože se vyhne zdlouhavým krokům zahřívání a chlazení RT-PCR. Dále, úsek DNA, který je amplifikován, je menší ve srovnání s RT-PCR. EXPAR tedy generuje až 108 řetězců DNA produktu během několika minut. Tvorba duplexu je monitorována jako u metody RT-PCR s použitím fluorescenčního barviva SYBR Green.
Zajímavé je, že nová metoda může být upravena tak, aby detekovala několik dalších infekčních onemocnění způsobených RNA viry, například Ebola, RSV atd.
Zdroj (zdroje):
Carter a kol. (2020). Sub-5minutová detekce SARS-CoV-2 RNA pomocí exponenciální amplifikační reakce bez reverzní transkriptázy, RTF-EXPAR. Předtisk. Publikováno na medRxiv Publikováno 04. ledna 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.12.31.20248236
***
